Les factures peuvent être transmises sous forme papier ou sous forme électronique, à condition que soient assurées l'authenticité de leur origine, l'intégrité de leur contenu et leur lisibilité, à compter de leur émission et jusqu'à la fin de leur période de conservation.
S'agissant des factures électroniques, ces conditions sont considérées comme remplies lorsque la facture est transmise en recourant à la procédure de signature électronique avancée ou sous la forme d'un message structuré selon une norme de type EDI.
Lorsque ces conditions ne sont pas remplies ou lorsque la facture est établie sous forme papier, cette sécurisation requiert la mise en place par l'entreprise de contrôles documentés et permanents permettant d'établir une piste d'audit fiable entre la facture émise ou reçue et la livraison de biens ou prestations de services qui en est le fondement. Les documents constitutifs de la piste d’audit fiable doivent être conservés pendant 6 ans sur support papier ou numérique, quelle que soit leur forme originale.
L'arrêté du 7 janvier 2016 fixe les modalités de numérisation et de conservation des documents constitutifs de la piste d'audit fiable établis ou reçus à l’origine sous format papier.
Depuis le 1er février 2016, le transfert de ces documents vers un support informatique doit être réalisé dans des conditions garantissant leur reproduction à l’identique. Le résultat de cette numérisation doit être la copie conforme à l’original en image et en contenu. Les couleurs doivent être reproduites à l’identique, notamment en cas de mise en place d’un code couleur. Le document ainsi numérisé doit être conservé sous format PDF assorti d’une signature électronique conforme, au moins, au référentiel général de sécurité (RGS) de niveau 1 étoile.